Los dos son librotes grandotes de origenes donde se inscriben perros con pedigree y donde vienen sus padres, abuelos, bisabuelos ........etc, y donde se les da un numero de registro de entrada, algo asi como un DNI perruno.
En la antiguegad solo habia una asociacion con un libro de estos y que tenia la mision del control de los perros de raza es la RSCE y su librote es el LOE. Luego con el tiempo aparecieron otras asociaciones que hicieron otro librote de origenes LOCE y se unieron bajo lo que denominaron FCE (aunque en este caso es mucho más conocida su delegación Sociedad Canina de Valencia)
El problema es que entre ambos una no es reconocida por la FCI (Federación internacional con sede en Belgina), no es reconocida por la otra e incluso por grandes criadores, veterinarios y muchisimos compradores.
Lo mejor que puedes hacer es llamar a las dos y preguntar, y depaso busca en internet que hay muchas discusiones al respecto. Prueba a poner un anuncio dos veces con pedigrees diferrentes y con igual precio y que te dicen los compradores.
http://www.rsce.es/
http://www.asociacionescaninas.com/sociedades/fce/
http://www.caninadevalencia.com/
Por cierto mis perros son de la RSCE (LOE)